Soul Eater pojednává o uživatelích, kteří využívají různé bojové techniky, a jejich zbraních, které mají dvě formy, lidskou formu a formu zbraně. Hlavní postavy, Maka a jeho Soul, Black Star a jeho Tsubaki, Death the Kid a jeho Liz s Paty jsou studenty Šibusenu, který byl založen Šinigamim pro ochranu světa před Kišiny, kteří uvrhují svět do šílenství. Aby se tomu tak nestalo, mají studenti za úkol zničit každého, kdo se živí dušemi nevinných, tedy potencionální Kišiny.